学園理事局から業務を委託されている組織は「認定組織」と呼ばれ、学園内で強い権限をもちます。
先端教育特別区域の自治は健全な教育機関の運営を条件に学園理事局へ全権委任されており、その下部組織である認定組織群は一種の行政機関ともいえます。
組織一覧
学園理事局
教育機関としてのニラトルフの維持、運営を担う組織。
理事総会は学園の最高意思決定機関であり、可決された内容が各認定組織に通達されます。一階ロビーには誰でも立ち入ることができ、査証窓口では学生手帳などの再発行のほか、住民票など法的書類の交付も行われます。
委員会、学園図書局、警備局、購買部、ニラトルフ鉄道局の上部組織にあたります。
学園図書局
職員と、ごく一部の学生によって運営される組織。
本部は地上8階・地下5階の計13フロアからなる総合図書館で、一般蔵書室（蔵書室Ⅴ）だけで約600万冊の蔵書を誇ります。開館時間は午前10時から午後18時、一般蔵書室は24時間利用可能です。
総合購買部
学園の物資流通全般と、各地に点在する購買部支店の運営を担います。
本部は飲食店、小売店、カラオケ、ボウリング、映画館などが入る大型複合商業施設です。
医学部付属病院
学内の医療福祉の提供を委任された特定機能病院。
病床数は700床、ICU・CCU・HCUに加え、最先端医療を提供するLCU（先端科学治療室）を備えます。学生・職員は特殊な保険適用により、医療費の50％を理事局が負担します。
警備局
区域内の警備・治安維持業務を担当する組織。
治安維持の観点から学園内での捜査・逮捕権が与えられており、校則で定められた門限以降の外出が唯一認められた組織です。
職員局
「学生たちのための、学業に適した健全な環境の形成」という理念を実現するために設置された機関。
ニラトルフ内に店舗、研究施設等を展開する際には必ずこの機関の認可を受ける必要があり、認可後も定期的な監査が義務付けられています。企業に対する改善命令や、強制的な業務撤退の措置を行う権限も持ちます。
会計金融局
ニラトルフ内の資金運用を目的とする金融機関。
学生手帳（就学査証）の提示によって預金通帳が作成でき、通帳を作ることで学生手帳内のICチップを学内用クレジットカードとして使用できるようになります。ニラトルフ内の新規事業への融資も行っています。
評議局
理事局の全ての構成員は、評議局の開催する評議会によって決定されます。
評議員は学内選挙で選抜される学生枠30名・職員枠30名の計60名で、任期は2年。学生評議員は卒業しても任期が自動的に終了することはありません。
鉄道局
学内の運輸、交通機関の確保・維持を委任された組織。
鉄道の敷設・運営のほか、ニラトルフの交通法である「交通則」の制定、学内の配送・郵便の一括管理も担います。